Puesto que Jesús se había dirigido al norte, a Galilea, Juan se sintió llamado a desandar sus pasos rumbo al sur. Por consiguiente, el domingo 3 de marzo por la mañana, Juan y los que quedaban entre sus discípulos comenzaron su viaje hacia el sur. Aproximadamente un cuarto de los discípulos inmediatos de Juan habían partido mientras tanto hacia Galilea en pos de Jesús. Permanecía en Juan la tristeza de la confusión. Nunca más volvió a predicar como lo había hecho antes de bautizar a Jesús. En cierto modo sentía que la responsabilidad del reino venidero ya no estaba sobre sus hombros. Percibía que su obra estaba casi terminada; estaba desconsolado y solitario. Pero, predicó, bautizó, y siguió viajando rumbo al sur.
Junto a la aldea de Adam, se detuvo Juan por varias semanas, y allí fue que lanzó su memorable ataque contra Herodes Antipas por haber tomado ilegalmente a la mujer de otro. En junio de este año ( 26 d. de J. C.) Juan se encontraba nuevamente en el vado del Jordán en Betania, allí donde había comenzado su predicación del reino venidero más de un año antes. En las semanas que siguieron al bautismo de Jesús, el carácter de la predicación de Juan fue cambiando paulatinamente, convirtiéndose en una proclamación de la misericordia para la gente común, al tiempo que siguió denunciando con renovada vehemencia a los líderes políticos y religiosos corruptos.
Herodes Antipas, en cuyo territorio predicaba Juan, se alarmó, temiendo que él y sus discípulos pudieran comenzar una rebelión. También resentía Herodes que Juan criticara en público sus asuntos domésticos. En vista de todo esto, decidió Herodes encarcelar a Juan. Así pues, muy temprano en la mañana del 12 de junio, antes de que se congregara la multitud para escuchar su predicación y presenciar los bautismos, los agentes de Herodes arrestaron a Juan. Como pasaban las semanas sin que fuera liberado, sus discípulos se esparcieron por toda Palestina, y muchos de ellos fueron a Galilea para unirse a los seguidores de Jesús.
