Como Juan estaba trabajando en el sur de Perea cuando fue arrestado, se le condujo inmediatamente a la prisión de la fortaleza de Macaerus, donde estuvo encarcelado hasta su ejecución. Herodes gobernaba en Perea así como en Galilea, y mantenía residencia en esta época tanto en Julias como en Macaerus de Perea. En Galilea la residencia oficial se había trasladado de Séforis a la nueva capital de Tiberias.
Herodes temía poner en libertad a Juan por miedo de que instigase una rebelión. Temía matarle por miedo de que la multitud se sublevase en la capital, porque millares de pereos creían que Juan era un hombre santo, un profeta. De aquí que Herodes mantuviera al predicador nazareo en la cárcel, no sabiendo qué hacer con él. Varias veces Juan había estado ante Herodes, pero no se avino nunca ni a abandonar los dominios de Herodes ni a renunciar a toda actividad pública una vez que fuera puesto en libertad. Y la creciente agitación en constante efervescencia, en cuanto a Jesús de Nazaret, advertía a Herodes que éste no era el momento para dejar en libertad a Juan. Además, Juan era también blanco del intenso y amargo odio de Herodías, la mujer ilegal de Herodes.
En numerosas ocasiones Herodes conversó con Juan sobre el reino del cielo, y aunque a veces se turbaba seriamente con su mensaje, no se atrevía a liberarlo de la prisión.Puesto que todavía se estaban construyendo muchos edificios en Tiberias, Herodes pasaba considerable tiempo en sus residencias de Perea, y le tenía preferencia a la fortaleza de Macaerus. Habrían de transcurrir varios años antes de que todos los edificios públicos y la residencia oficial de Tiberias estuvieran terminados.
Para celebrar su cumpleaños organizó Herodes una gran fiesta en el palacio de Macaerus para sus funcionarios principales y otras personalidades de alto rango en los concilios del gobierno de Galilea y Perea. Como Herodías no había conseguido persuadir a Herodes de que aplicara a Juan la pena de muerte, se dedicó a la tarea de urdir un astuto plan para lograr este propósito.
En el curso de las festividades y espectáculos de la velada, Herodías presentó a su hija para que bailara ante los comensales. Herodes quedó muy complacido con la danza de la doncella y, llamándola ante él, le dijo: «Eres encantadora. Estoy complacido contigo. Pídeme en éste mi cumpleaños lo que desees, que yo te lo daré, aunque fuese la mitad de mi reino». Y Herodes así habló después de haber bebido mucho vino. La doncella se apartó y le preguntó a su madre, qué debía pedirle a Herodes. Herodías le dijo: «Ve a Herodes y pídele la cabeza de Juan el Bautista». Y la joven, regresando a la mesa del banquete dijo a Herodes: «Quiero que me entregues la cabeza de Juan el Bautista en una bandeja».
Llenóse el corazón de Herodes de pavor y pena, pero había dado su palabra ante todos los comensales que le rodeaban, y no pudo rechazar la solicitud de la doncella. Envió pues Herodes Antipas a un soldado, ordenándole que trajese la cabeza de Juan. Así fue decapitado Juan esa noche en la prisión, y trajo el soldado la cabeza del profeta en una bandeja y se la presentó a la joven en el fondo del salón del banquete; y la doncella entregó la bandeja a su madre. Cuando los discípulos de Juan supieron de este suceso, vinieron a la prisión para recoger el cuerpo de Juan, y después de darle sepultura, acudieron donde Jesús y le relataron lo ocurrido.
