Cuando Juan regresó junto a sus discípulos (ya por entonces unas veinticinco a treinta personas moraban constantemente con él), los encontró discutiendo seriamente los acontecimientos del bautismo de Jesús que acababa de ocurrir. Aun más asombrados quedaron ellos al contarles Juan la historia de la visitación de Gabriel a María antes del nacimiento de Jesús, y el hecho de que Jesús no pronunciara palabra al relatarle Juan este acontecimiento. Esa noche no llovió, y los treinta conversaron largamente en la noche estrellada. Se preguntaban dónde estaría Jesús, cuándo le volverían a ver.
Después del acontecimiento de este día, la predicación de Juan adquirió una nueva resonancia de proclamación segura del reino venidero y del Mesías esperado. Fue un período de gran tensión, estos cuarenta días de espera, aguardando el regreso de Jesús. Pero Juan continuó predicando con más vigor, y sus discípulos comenzaron aproximadamente por esta época a predicar a las desbordantes multitudes que se reunían en torno a Juan, a orillas del Jordán.
En el curso de estos cuarenta días de espera, muchos fueron los rumores que se esparcieron por la tierra llegando incluso a Tiberias y a Jerusalén. Millares acudían para ver la nueva atracción en el campamento de Juan, el notorio Mesías, pero no estaba Jesús allí para que le vieran. Al afirmar los discípulos de Juan que el extraño hombre de Dios se había marchado a las colinas, muchos dudaron de toda la historia.
Unas tres semanas después de la partida de Jesús, llegó a Pella una nueva delegación de los sacerdotes y fariseos de Jerusalén. Le preguntaron a Juan directamente si él era Elías o el profeta que Moisés había prometido; y al contestar Juan, «No soy yo», se atrevieron a preguntarle, «¿Eres tú el Mesías?», y Juan respondió: «No soy yo». Entonces estos hombres de Jerusalén le dijeron: «Si no eres Elías, ni el profeta, ni el Mesías, ¿por qué entonces bautizas a la gente creando tanto alboroto?» y Juan replicó: «Son los que me han escuchado y han recibido mi bautismo quienes deberían deciros quién soy, pero yo os digo que si bien yo bautizo con agua, estuvo entre nosotros aquel que volverá para bautizaros con el Espíritu Santo».
Estos cuarenta días fueron un período difícil para Juan y sus discípulos. ¿Cual sería la relación de Juan con Jesús? Se planteaban cientos de preguntas. La política, las preferencias egoístas comenzaron a asomarse en el ambiente. Proliferaban las discusiones intensas sobre las distintas ideas y conceptos del Mesías. ¿Se convertiría él en un líder militar y en un rey davídico? ¿Aniquilaría a los ejércitos romanos como lo había hecho Josué con los cananeos? ¿O establecería un reino espiritual? Juan pareció llegar a la conclusión, compartida por una minoría, de que Jesús había venido para establecer el reino de los cielos, aunque no tenía completamente claro en su mente qué habría de incluirse dentro de esta misión del establecimiento del reino de los cielos.
Fueron días arduos para Juan, y oraba para que Jesús regresara. Algunos de los discípulos de Juan organizaron grupos de exploración para ir en busca de Jesús, pero Juan lo prohibió, diciendo: «Nuestro tiempo está en las manos del Dios de los cielos; él es quien guiará a su Hijo predilecto».
Fue en las primeras horas de la mañana del sábado, 23 de febrero, cuando la comitiva de Juan, reunida para compartir su comida matinal, vio, al levantar la vista hacia el norte, a Jesús que venía hacia ellos. Al acercarse Jesús, Juan se encaramó sobre una gran roca y, levantando su voz sonora, dijo: «¡Mirad al Hijo de Dios, el liberador del mundo! De este es de quien he dicho, `tras mí vendrá aquel que es el elegido antes que yo porque fue antes que yo'. Por esta causa he salido yo del desierto para predicar el arrepentimiento y bautizar con agua, proclamando que se aproxima el reino del cielo. Ya, viene aquel que os bautizará con el Espíritu Santo. Yo he visto al espíritu divino descendiendo sobre este hombre, y he oído la voz de Dios decir, `Éste es mi hijo amado de quien estoy bien complacido'».
Jesús les rogó que volviesen a su comida, sentándose él a comer con Juan, pues sus hermanos Santiago y Judá ya habían regresado a Capernaum.
Temprano en la mañana del día siguiente se despidió de Juan y sus discípulos, para regresar a Galilea. Nada les dijo de cuándo volverían a verle. A las preguntas de Juan acerca de su propia predicación y misión, Jesús solamente dijo: «Mi Padre te guiará ahora y en el futuro como lo ha hecho en el pasado». Así se separaron estos dos grandes hombres, esa mañana a orillas del Jordán, y no se habrían de encontrar nunca más en la carne.
